1、16S rDNA测序
16S rRNA序列长度约为1542bp，包括10个保守区和9个可变区（V1-V9），保守区序列反映了物种间的亲缘关系，而可变区序列 则能体现物种间的差异，其中V3、V4、V5区特异性好，数据库信息全，是细菌多样性分析注释的最佳选择。
2、18S rDNA测序
18S rRNA是组成真核生物的核糖体小亚基的RNA，与原核生物的16S rRNA同源。序列中既有保守区又有可变区（V1-V9）。
3、ITS测序
ITS(内转录间隔区)存在于真核生物rDNA基因上。ITS分为两个区域： ITS1、ITS2。ITS1序列位于18S rRNA和5.8S rRNA之间， ITS2位于5.8S rDNA和28S rDNA之间。
4、功能基因扩增子测序
AOA，AOB，nirK，nifH，McrA等。
| 类别 | 内容 | 研究对象 |
|---|---|---|
| 16S rRNA测序 | 编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列 | 细菌或古菌的多样性分析 |
| 18S rRNA测序 | 编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列 | 反映样品中真核生物之间的种类差异 |
| ITS测序 | ITS序列是内源转录间隔区（Internally Transcribed Spacer），位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间，分别为ITS 1和ITS2 | 主要对环境微生物中的真菌多样性进行分析 |
| 功能基因扩增子测序 | AOA，AOB，nirK，nifH，McrA等 | 氨氧化细菌、硫细菌、硝化细菌等 |
| 测序类型 | 引物名称 | 引物序列 | 区域 | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| 细菌16S rRNA | 341F | 5’-CCTAYGGGRBGCASCAG-3’ | 16s V3-V4 | PE250平台 |
| 341F | 5’-CCTAYGGGRBGCASCAG-3’ | |||
| 细菌16S rRNA | 515F | 5’- GTGCCAGCMGCCGCGG-3’ | 16s V4-V5 | PE250平台 |
| 907R | 5’- CCGTCAATTCMTTTRAGTTT-3’ | |||
| 细菌16S rRNA | 515F | 5’- GTGCCAGCMGCCGCGG-3’ | 16s V4 | PE250平台 |
| 806R | 5’- GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’ | |||
| 细菌16S rRNA | 799F | 5’- AACMGGATTAGATACCCKG-3’ | 16s V5-V6 | PE250平台 |
| 1115R | 5’- AGGGTTGCGCTCGTTG-3’ | |||
| 真菌ITS | ITS1F | 5’- CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA-3’ | ITS1 | PE250平台 |
| ITS2R | 5’- GCTGCGTTCTTCATCGATGC-3’ | |||
| 真核18S | TAReuk454FWD1 | 5’-CCAGCASCYGCGGTAATTCC-3’ | 18s V4 | PE250平台 |
| TAReukREV3 | 5’-ACTTTCGTTCTTGATYRA-3’ |
| 产品类型 | 送样类型 | 浓度要求 | 送样量 | 其他要求（质量等） |
|---|---|---|---|---|
| 扩增子（16s/18s/ITS） | DNA | ≥ 5 ng/μL | ≥ 500 ng（单个区域扩增子） | 1、DNA 要有明显主带，无降解、无 RNA、蛋白质等杂质污染； 2、条带单一、无接头污染、无引物二聚体、无降解， OD260/280:1.8-2.0，OD260/230 ≥1.0； 3、滤膜直径3-4cm/孔径0.22或0.45μm； 4、拭子样品尽量充分接触实验对象，最终以实验结果为准； 5、所有的核酸样品，需要保存在1.5ml或2ml的EP管中。 |
| PCR | ≥ 10 ng/μL | ≥ 500 ng | ||
| 土壤、淤泥、沉积物 | - | ≥ 3 g | ||
| 粪便 | - | ≥ 1 g | ||
| 组织样本 | - | ≥ 1 g | ||
| 水体样为滤膜 | - | ≥ 1 张 | ||
| 拭子样品 | - | ≥ 2 个 |
备注：
1、样品重复： 大田取样至少5个以上，动物实验8-12个，临床研究20-30个
2、实验处理： 样品的一致性非常重要，否则重复性不好
3、操作一定要规范以避免样本受到污染。
| 项目大类 | 项目小类 | 样品个数num\基因组大小X | 报价 | 备注 |
|---|---|---|---|---|
| 多样性类 | 细／真／古菌 | （1≤N<100） | 请联系技术经理 | 注1：价格包括提取＋测序＋标准分析 注2：3-5万条/样品 注3：功能基因限时免费 注4：可提供引物合成服务,报价联系技术经理 |
| （100≤N<200） | ||||
| （200≤N<300） | ||||
| （300≤N<400） | ||||
| （400≤N<500） | ||||
| （N≥500） |
1、项目经验丰富，从常规的土壤、植物样本，到螨虫、种子内生菌等。
2、人工分析，云平台在线分析
Alpha指数-箱线图
PICRUSt2功能注释相对丰度堆积冲击图
RF与真实测定值的一致性结果
top10-Phylum-堆积冲击图
多样本PCA图
环境因子和alpha多样性相关性热图
基于样本的核心OTUs花瓣图
注释比例图
上海液质检测技术有限公司(Shanghai Treeleafbio Testing Technology Co.,Ltd)致力于分子生物学、细胞生物学、免疫学、生物医学和仪器分析等领域的研发、生产及来样检测，为基础生命科学研究提供便利的分析测试手段及可靠的实验数据，帮助生命科学领域的科员人员跨越分析检测的技术障碍，获得可靠的实验数据。
上海液质已研发了系列成套的基于生化法上千种便捷型检测试剂盒和基于酶标仪、HPLC、GC、ICP-MS、HPLC-MS、UPLC-MS、GC-MS的约上千种检测技术。
目前已建立有动植物生理生化检测平台、土壤环境检测平台、水质检测平台和食品检测平台。其中动植物生理生化检测平台可承接植物营养成分检测、植物酶活检测、植物元素检测、植物激素检测等相关技术服务项目；土壤环境检测平台已开发有土壤养分/元素检测、土壤酶活检测、土壤物理指标检测、土壤肥力检测等科研体系；测试效率高，体系稳定。已为诸多用户提供了实验所需的方案或数据。
建立了国内领先的动植物营养物质平台、土壤环境检测平台，国内领先的靶向/非靶向检测平台，可以高质量的检测近30大类1200种动植物代谢物及土壤环境指标，已为近千家科院院所和高效提供了可靠稳定的实验数据。
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